关键词：东海带鱼 转录组 ssr snp 

摘要：本研究以东海带鱼转录组测序数据为基础,采用MISA软件进行SSR筛选,利用Samtools和GATK进行SNP筛选,并进行SSR和SNP的特征分析。结果共获得SSR49311个,其中完整的微卫星共有44625个,复合型SSR数目为4687个。SSR片段长度11~374bp。重复长度小于20bp的序列,有30997条,其中长度在12~20bp的SSR为7523个,约占总数的29.35%,呈中等多态性,重复长度大于20bp长序列为13627个,约占总数的53.18%,呈较高多态性;共获得SNP位点数876199个,其中颠换335218个,转换540981个,转换、颠换比例为1.61∶1。在非编码区的SNP数量为578020个;在编码区的SNP总数298179个,在编码区的碱基转换类型中C→T占比最高,为22.09%。另本研究提供了SSR和SNP原始引物各10对。研究结果可为今后带鱼的分子标记开发、遗传连锁图谱构建以及种质资源保护等提供基础数据。

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