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干旱胁迫下青稞全基因组可变剪切分析

曾兴权; 原红军; 杨春葆; 于明寨; 徐齐君; 王玉林; 扎桑; 尼玛扎西 省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室; 西藏拉萨850002; 西藏自治区农牧科学院农业研究所; 西藏拉萨850002; 西藏自治区农牧科学院; 西藏拉萨850002

关键词:青稞 干旱胁迫 全基因组 可变剪切分析 

摘要:为阐明青稞在旱胁迫下基因发生可变剪切的规律,本研究以抗旱的“喜拉16号”和旱敏感的“迪庆黑元桂”为试验材料,分别对对照和21%PEG浓度下处理的样本进行多时间点的全转录组测序。结果表明,利用LeafCutter软件在所有的样品中共检测到了22181个可变剪切事件;通过PCA分析发现,可变剪切具有明显的品种间特异性;另外,通过与抗旱基因数据库比对分析发现,在干旱胁迫处理下2个类型品种间有多个抗旱相关的基因发生了显著的差异可变剪切,分别是HVUL1H16429(AtrbohF)、HVUL1H12808(HAB1)、HVUL4H58649(ABF4)、HVUL4H35985(AtrbohD)、HVUL7H07799(LOS5)、HVUL3H43774(CLCc)、HVUL3H23631(ABCG40)、HVUL1H16840(MYB60)和HVUL6H08236(AREB1);对2个品种各自在对照与旱胁迫条件下的差异可变剪切基因进行pathway分析,发现了抗旱品种的差异可变剪切基因参与了更多的pathway,并且鉴别出Fatty acid degradation、Inositol phosphate metabolism、alpha-Linolenic acid metabolism和Fatty acid metabolism这4条通路显著富集。为解析青稞抗旱分子机理与培育青稞抗旱新品种奠定了理论基础。

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