豫北塞尼卡谷病毒VP1基因的扩增和序列分析

关键词：塞尼卡谷病毒 vp1蛋白 遗传进化分析 

摘要：塞尼卡谷病毒(Seneca Valley virus,SVV)是一种新发的猪病毒病,在我国猪群中已形成一定的流行性。本文首先对豫北一猪场发生水泡症状的猪进行病料采集,然后提取病毒RNA,通过反转录和PCR扩增到SVV的VP1基因,并对其进行测序。通过MegAlign软件对VP1基因序列进行遗传进化分析,利用在线生物信息学软件预测VP1蛋白的信号肽、核定位信号和B细胞表位。结果表明:豫北毒株与一株美国毒株USA-IA44952(登录号为KU954090.1)的核苷酸同源性最高,与SVV-001毒株核苷酸同源性最低(登录号为DQ641257.1),VP1蛋白没有信号肽序列,没有核定位信号,有8个B细胞线性抗原表位。

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