基于信息学分析的帕金森病额叶基因表达谱研究

关键词：帕金森病 额叶 非运动症状 抑郁 生物信息学 

摘要：目的采用生物信息学方法分析帕金森病(Parkinson disease,PD)患者额叶组织的基因表达谱,来探索PD抑郁相关的机制。方法从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中使用“Parkinson disease”进行检索,并限定组织来源为人类(Homo sapiens)及检测方法为表达谱芯片(Expression profiling by array),获取2019年3月20日前GEO数据库中的所有生物信息数据。使用ImaGEO(Integrative Gene Expression Meta-Analysis fromGEO database)、DAVID(the Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery)、STRING在线工具及Cytoscape 3.6.1软件进行数据分析。结果根据检索条件,获得了2个数据集,共45个样本(PD组24个,健康对照组21个)。与健康对照组相比,PD组的额叶中总共有236个基因表达存在差异,其中146个基因表达水平增高,90个基因表达水平下降。根据基因本体论分析及京都基因和基因组数据库分析,该差异基因主要富集在突触后膜、细胞膜成分、突触后膜密集区、髓鞘等结构。差异基因参与了和PD发生有关的多巴胺能、谷氨酸能及γ-氨基丁酸能等神经突触的生物过程、抑郁的发生过程和多条信号通路(如:丝裂原激活蛋白激酶信号通路、p53信号通路及Wnt信号通路);其中关键蛋白是NFKBIA、NRXN1和RPL35A。结论PD患者额叶的基因表达与PD抑郁发生有关。该研究为进一步理解PD抑郁的发病机制提供了理论依据。

华西医学杂志要求:

{1}编辑部实行稿件三审制，周期三个月。三个月后未接到本刊采用通知，稿件即可自行处理。请自留底稿，因人力与经费有限，来稿一律不退。

{2}附录内容较少，与参考文献排在同一页；如出现内容较多，则另起一页。附录的字体为12磅，Times New Roman字体，加粗。附录内容格式要求与正文一致。

{3}文题应以新颖独特的逻辑文字组合准确地反映研究工作的内容实质和特点,文题要求简洁而信息量丰富。

{4}编辑部有权对来稿标题、内容作适当修改。如不愿修改,请在稿件中注明。

{5}参考文献采用尾注形式，参考文献的著录方式请参照中华人民共和国国家标准GB/T774-2005，依照顺序编码制参考文献列表。

{6}来稿应标明作者姓名、单位及邮编，并注明第一作者或通信作者简介：姓名(出生年一)，性别，职称（博士或博导请注明），主要研究方向，E-mail。

{7}注释：页下注，采用Word脚注功能注加在页面底端。脚注编号：①、②、③……基本格式：[国籍]作者：《书名》，出版社和出版年，页码。（中国国籍不用加注）；电子文献：[序号]主要责任者．电子文献题名[EB/OL]．电子文献的出处或可获得地址，发表或更新日期/引用日期。

{8}摘要包括的信息量应与论文基本相符，使读者即使不阅读全文，通过摘要也能基本了解论文的观点和研究的基本结论。

{9}计量单位与数字：遵照GB3100～3102-1993《量和单位》及GB/T15835-2011《出版物上数字用法规定》。阿拉伯数字使用应遵循得体与前后一致的原则。

{10}资助课题的基金项目及编号（编号写在网括号内），通讯作者姓名、办公电话号码及Email地址，第一作者简介包括姓名、学位、职称、职务、办公电话号码和Email地址等。

注：因版权方要求，不能公开全文，如需全文，请咨询杂志社