草地贪夜蛾基因组注释及分析

关键词：草地贪夜蛾 基因组注释 比较基因组学 基因家族 进化 

摘要：草地贪夜蛾 Spodoptera frugiperda 近年来在我国迅速扩散,造成了重大的经济损失,引起社会关注。草地贪夜蛾基因组序列对深入研究其迁飞、入侵和抗药性等特性具有十分重要的作用。目前,已有5个版本的基因组序列被公开报道,但3个版本无基因组注释信息。除以 Sf 9细胞系为DNA来源的基因组版本外,其他版本的scaffold N50过小,拼接质量偏低。为此,本研究选取了scaffold N50最大的草地贪夜蛾 Sf 9细胞系基因组进行了蛋白编码基因注释。该版本的基因组重复序列占比28.1%。CEGMA评估显示该本版本基因组可覆盖93.6%的核心基因,BUSCO评估显示可覆盖90.8%的核心基因。利用OMIGA注释流程预测到25 699个蛋白质编码基因,详细的基因序列可从InsectBase网站获得(www.insect-genome.com/FAW/),其中具有GO注释的基因为 15 623个,具有KEGG注释的基因共有9 213个。选取了12个鳞翅目昆虫进行比较基因组学分析,发现草地贪夜蛾与斜纹夜蛾的亲缘关系最近,两者分化时间大约在1 284万年前。对12个鳞翅目昆虫蛋白质编码基因进行同源分析,在草地贪夜蛾中发现了2 490个单拷贝基因、891个鳞翅目特有基因、2 360个物种特异扩增基因和 4 180个物种特异基因。GO富集分析显示,2 360个物种特异扩增基因主要参与DNA整合、代谢相关的生物过程;4 180个物种特异基因主要参与酶活性、光感受、糖代谢等,KEGG通路富集发现草地贪夜蛾特异基因主要参与氨基酸代谢、糖代谢和Wnt信号通路。本研究结果丰富了草地贪夜蛾的基因信息,对进一步了解其生物学特性、开发新型绿色防控方法具有指导意义。

环境昆虫学报杂志要求:

{1}参考文献:依照其在文中出现的先后顺序用阿拉伯数字标出。

{2}请勿一稿多投。本刊实行匿名评审和三审定稿制度，审稿周期大约为1个月，作者可随时致电咨询。

{3}稿件收到后一般三个月内给予回复；三个月未见回复者，请自行处理。

{4}具体、确切概括文章要旨。中文标题一般不超过20个汉字，必要时可加副标题。论文标题需同时翻译成相应的英文题名。

{5}作者简介：姓名、出生年、籍贯、性别、职称、职务、学位、专业研究方向、联系电话、邮箱及论文属项目、资金来源（应注明项目的名称和项目编号）。

注：因版权方要求，不能公开全文，如需全文，请咨询杂志社